黑尾蜡嘴雀繁殖期5-7月。在到达繁殖地后不久雄鸟即开始求偶鸣叫和配对,雄鸟常站在树枝上高声鸣唱,鸣声清脆悦耳。5月初至5月中旬即开始在柞树、杨树、山丁子树或其他乔木树侧枝枝权上营巢,距地高2-7米。巢呈杯状或碗状,由枯草叶、草茎、须根、细枝等材料构成。
巢外径9-14厘米,内径6-8.5厘米,高8-13厘米,深5-8厘米。每窝产卵3-7枚,多为4-5枚。卵的颜色变化较大,有的呈米黄色被有淡红色斑点,有为灰色或灰白色、被有黑褐色斑点和斑纹,也有呈鸭蛋青色或深灰色被黑褐色斑纹。
卵为椭圆形和长卵圆形,大小为16-19毫米×20-27毫米,常见为17毫米×25毫米,重3-3.8克,多为3.5克。最早产卵时间在中国吉林省为5月中旬,大量在5月下旬至6月中旬,1天产1枚卵,卵产齐后才开始孵卵。雏鸟晚成性,雌雄亲鸟共同育雏。具观察的一窝于6月16日孵出,6月26日出飞,留巢期11天。
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